27 декабря 1890 года, около полуночи, скончался; был погребён в Спасо- Преображенском соборе Одессы.
В.В. Зеньковский пишет о его философской деятельности:
«Архиеп. Никанор был чрезвычайно широко и разносторонне образован, много и очень тщательно работал научно, о чем свидетельствует его докторская диссертация. Он следил очень пристально за всеми проявлениями современной культуры, но с особой любовью и поразительной неутомимостью следил он за философскими течениями. Его основная книга по философии носит несколько одностороннее название («Позитивная философия и сверхчувственное бытие», т. I—III – всего 1358 стр. убористого текста), не дающее правильного представления об исключительном богатстве содержания. Книга осталась незаконченной, как свидетельствуют заключительные строки II тома, набрасывающие программу дальнейшего труда (из этой программы только часть выполнена в III томе). Труд архиепископа Никанора написан несколько утомительно: тщательность в разборе различных мелочей или оттенков той или иной идеи мешает читателю следить за главной мыслью автора. Формально книга посвящена гносеологии, но в действительности она содержит в себе богатейшие построения и по онтологии, и по этике, и по антропологии.