Василий Васильевич Зеньковский родился 16 июля 1881 г. в городе Проскуров Подольской губернии. Окончил гимназию в Киеве.
Четыре года учился на физико-математическом факультете, окончил историко-филологический факультет Киевского университета (1909), был оставлен при университете для подготовки к профессорскому званию.
В 1913—1914 находился в научной командировке в Германии и Италии.
Магистр философии (1915; тема диссертации: «Проблема психической причинности»). Доктор церковных наук (1948; за труд «История русской философии»).