В 1890 г. Вернадский был приглашен на кафедру кристаллографии и минералогии Московского университета, утверждается в должности хранителя минералогического кабинета. В 1891 г. в Петербургском университете состоялась защита магистерской диссертации, посвященной проблемам строения соединений кремния, а в 1897 г. В.И. Вернадский, защитив докторскую диссертацию, посвященную проблемам кристаллографии, а в следующем году утверждается в должности экстраординарного профессора. В Московском университете В.И. Вернадский проработал 20 плодотворных лет.
Вернадский со своими учениками в поле изучал природные процессы, совершая экскурсии почти каждое лето: несколько раз он был на Урале, в Крыму, на Украине, на Северном Кавказе и в Закавказье, в Домбровском бассейне Польши и в средней России. В этот период В.И. Вернадский ведет серьезную научную работу. Кроме научной деятельности В.И. Вернадский активно занимался общественно-политической и государственной деятельностью, которая была тесно связана, прежде всего, с Тамбовским краем. Имение Вернадовка, расположенное в Тамбовской губернии, он посещал почти каждое лето с 1886 по 1910 год.