Проработав три года на кафедре Священного Писания Ветхого Завета М. Н. Ершов был переведен на кафедру истории философии. В своем выступление на заседании Совета в августе 1914 г. М. Н. Ершов пояснил смысл этого перехода так: «Еще, будучи студентом 1У курса, я был предвыбран Советом академии на первую кафедру Священного Писания Ветхого Завета, какую и занимаю три года. Между тем, все мои занятия и на студенческой скамье и затем по окончании Академии носили и носят довольно определенный характер, имея свои объектом именно изучение основных вопросов спекулятивно-религиозного и философского знания преимущественно на исторической основе. Результатом этих занятий у меня явились некоторые печатные работы: «К характеристике философских взглядов М. М. Троицкого» /Вера и Разум.1910 г. № 14 и 15, из истории идеализма нового времени – Гносеология Мальбранша/Богословский вестник. 1911. Февраль-апрель, «Проблема богопознания в философии Мальбранша». Казань.1914 /магистерская диссертация/ и перевод сочинений Мальбранша в «Православном Собеседнике» 1914, апрель. Ввиду такого довольно определенного направления моих научных занятий. Мне, естественно, хотелось бы поработать на пользу родной академии и отечественной богословской науки именно на кафедре истории философии».
Уже через месяц из Св. Синода пришел ответ о согласи на перемещение с кафедры на кафедру и назначении Ершову на 1913/1914 уч. г. по 4 лекции в неделю (две – теоретические и две – практические). Вскоре (в мае 1916г.) Матвей Николаевич был назначен экстраординарным профессором по кафедре истории философии Академии, по которой читал лекции и проводил практические занятия по древней и новой европейской философии. В своем годовом отчете о преподавательской деятельности за 1914/1915 уч. г. Ершов указал, что читал лекции о Локке, Беркли, Канте, проводил семинары о Декарте, Мальбранше, Спинозе, Канте и вел занятия по французскому языку для студентов 1 и 2 курсов Академии. Так же Ершов успевал подрабатывать в Казанской женской гимназии В. А. Ряхиной, где давал гимназисткам уроки педагогики.
В ноябре 1916г. М. Ершов обратился с личным прошением в Императорский Казанский университет (далее – ИКУ) о приеме его на работу, на кафедру философии историко-филологического факультета. На заседании Совета историко-филологического факультета 18 ноября 1916 г. было решено поддержать ходатайство Ершова. Большую роль в этом сыграло выступление на Совете профессора Гуляева А.Д., который дал «весьма лестные» отзывы о научных трудах Ершова. Судя по всему, в ИКУ Ершов проработал до конца 1917г. В ведомости «О состоянии кафедр историко-филологического по 1 июля 1917» есть запись: «кафедра философии – магистр богословия Ершов (сверхштата)». В Российском Государственном Историческом Архиве в Санкт-Петербурге хранится дело – «Представление попечителя Казанского учебного округа и Совета Казанского университета о распределении учебных курсов между профессорами и приват-доцентами» (начато 07.06.1917, окончено 10.10.1917), в котором указывается, что приват-доценту по кафедре философии М. Н. Ершову поручены курсы: «критика интеллектуализма в современной философии, 2 часа в неделю, для желающих всех отделений и семестров. С вознаграждением по 300 рублей за годовой час из сумм Министерства».
В «казанский» период жизни Ершова начал складываться и формироваться круг его научных интересов. Учитывая, что Матвей Николаевич получил богословское образование и, исходя из общих научных направлений Казанской Духовной Академии, главным из которых, естественно, было философское обоснование христианства, свои основные научные поиски профессор Ершов сконцентрировал в области исследований проблем западной философии и богословия. Еще в 1911г. он опубликовал работу «Из истории идеализма нового времени», а в 1914г. перевел и снабдил своими комментариями трактат Мальбранша «Беседа христианского философа с философом китайским о бытии и природе Божества» … <…> специфику научных исследований того времени в духовных академиях России известный философ Зеньковский определил как «русский (православный) тип схоластики».