Богдан Александрович Кистяковский родился 16 ноября 1868 г. в Киеве в семье профессора Киевского университета, юриста, криминалиста и деятеля украинского национального движения Александра Фёдоровича Кистяковского.
Среднее образование получал во 2-й Киевской (1878—1886) и Черниговской (1886—1887) гимназиях. С 1888 по 1892 год последовательно исключался из Киевского, Харьковского и Дерптского университетов за участие в подпольных кружках и студенческих волнениях. В 1895 году выехал за границу: обучался в Берлинском университете, Сорбонне, Страсбургском университете — в 1898 году защитил диссертацию по философии «Общество и индивидуальность», которая была опубликована в следующем году в Берлине на немецком языке и получила высокую оценку немецких учёных.
